بديهی است كه چنين كسانی طبعا از طرف دستگاه خلافت مورد اتهام قرار می‏گيرند . برخی صرفا به خاطر اشتغال به علوم عقلی مورد اين اتهام واقع شدند . ابن النديم درالفهرست ، ضمن شرح حال ابوزيد احمدبن سهل بلخی می‏گويد : " وی متهم به زندقه بود " و از يكی از دوستان نزديكش نقل می‏كند كه : " اين مرد مظلوم بود ، مردی بود موحد و خداپرست ، من بهتر از ديگران‏ او را می‏شناسم ، با هم بزرگ شديم ، علت شهرتش به زندقه اشتغال به منطق‏ بود ، ما با هم منطق خوانديم و هيچكدام تمايلی به الحاد نداشتيم " ( 1 ) . احمد امين ( 2 ) از الاغانی نقل می‏كند كه : حميدبن سعيد از چهره‏های نمايان معتزله بود ، در برخی از مسائل با ابن‏ ابی دواد ، قاضی القضاه معروف دوره معتصم ، مخالفت كرد . ابن ابی دواد ذهن معتصم را درباره او خراب كرد كه او شعوبی و زنديق است . درباره ابن مناذر نيز از شخصی نقل می‏كند در مجلس يونس بن ابی فروه‏ رسما او را در رديف زنادقه معرفی می‏كردند ، تصادفا آن شخص به مسجد می‏رود و می‏بيند ابن مناذر تنها در گوشه‏ای مشغول نماز است . افشين را به زندق متهم كردند ، ولی عقيده بعضی از مورخين اين است كه‏ زندقه پاپوشی بود كه رقبای سياسی افشين برای او ساختند . منصور دوانيقی خليفه عباسی ، و سفيان بن معاويه مهلبی حاكم بصره هر كدام به علت خاصی دشمن عبدالله بن مقفع شدند و سفيان با دستور محرمانه‏ منصور او را كشت و بعد گفتند اسلام ابن مقفع ظاهری بوده و باطنا زنديق‏ بوده است . ابن مقفع مردی دانشمند بوده و كتب مانی را به عربی ترجمه‏ كرده است ، از برخی نوشته‏هايش پاورقی : ( 1 ) الفهرست ، صفحه . 204 ( 2 ) ضحی‏الاسلام ، جلد 1 صفحه . 163